Mendelian randomization - Critical appraisal checklist MR 연구를 진행할 때 가장 중요한 Checklist들을 한눈에 보기 쉽게 나열하였다. 1.Core MR assumption (relevance assumption, independence assumption, exclusion restriction)을 만족하는가?horizontal pleiotropy에 대해서는 authors가 alternative MR approach, such as MR Egger, median, and mode estimators or use of "negative control" populations를 이용하여 조사하였는가? 참고) Mendelian Randomization (2) - How to solve genetic pleiotropy? (tistory.com) Mende.. 2024. 9. 21. Mendelian randomization - strict study design - Relevance assumption의 검정MR의 power는 sample size와 proposed instrument 와 risk factor사이 association의 strength에 의해 결정된다. weak instrument의 여부는 F-statistic을 통해 그 값이 10을 넘는지 여부로 검증될 수 있다. - Independence assumption 및 exclusion restriction의 검정유용한 방법 중 하나는 "negative control" population을 사용하는 것이다. negative control group은 원하는 outcome이 나오지 않기를 바라는 group인데, 예를 들어 alcohol consumption과 BP 사이 관계를 보려고 할 때 아이들의 .. 2024. 9. 21. Mendelian Randomization (2) - How to solve genetic pleiotropy? MR의 전제조건에서 다뤘듯이, Genetic variant는 risk factor를 경유하지 않고 outcome에 영향을 주지 않아야 한다. (aka. exclusion restriction) 하지만 실상 이런 경우를 strict하게 지키기는 쉽지 않기 때문에, 다양한 추정 방법들이 존재하게 되는데, median estimator와 MR Egger regression이 그것이다. 전자는 적어도 절반은 pleiotropic effect가 없다 가정한다. Egger regression은 본래 meta-analysis에서 small study bias (작은 연구일수록 더 dramatic한 결과를 싣기 쉬워 bias가 생기기 쉽다)를 detect하기 위한 tool이었다. Egger regression에서의 .. 2024. 9. 20. Mendelian Randomization - Essential for study design 내가 보려고 정리한 글. 연구를 시작하며 Outline을 짤 때, 방법을 이해하고 한계, 주의해야할 점을 알아야 적절한 dataset과 분석 방법을 결정할 수 있다. 막연하게 내가 생각한 주제는 migraine과 stroke간의 causal relationship에 대한 것이었는데, 이를 구체화하는 과정에 mendelian randomization에 대한 이해가 필수적이라는 것을 깨닫게 되었다. 이에 여러 논문들을 읽으며 중요하다고 느낀 것들을 정리하고자 한다. MR, Mendelian randomization은 genetic variation 즉 instrumental variable(IV)를 인과관계를 규명하고자 natural experiment로 쓰는 방법이다. Observational study의.. 2024. 9. 20. GWAS의 Application (3) GWAS의 결과들은 질병 위험도를 예측하거나 특정 형질의 genetic architecture를 이해하는데 쓰일 수 있다. 각각 알아보자. 1. Risk predictionPRS(Polygenic risk score)은 independent한 discovery cohort의 GWAS summary statistics를 사용해 target cohort에서의 risk of disease를 예측하는 방법이다. Risk allele들의 합산 score로 계산된다. PRS를 계산하는 데는 많은 방법들이 있지만 가장 Practical 한 method는 Pruning and thresholding이며 이외에도 여러 방법이 있다. 최대 예측 정확도는 질병의 SNP 기반 유전력 — 모든 SNP에 의해 설명되는 표현형 분.. 2024. 8. 24. 이전 1 다음
