Exon to Genome (2)

유전체 쪽에서도 무어의 법칙에 힘입어 처리속도도 빨라지고, 기술이 발전하면서 예전엔 천문학적으로 들던 유전자 분석 비용이 상당히 낮아졌습니다.

 

최근엔 좀 정체되어있긴 하지만 이제 1000$ 시대입니다.

 

by NIH

 

이렇듯 기술이 발전하며 이제 WES에서 WGS가 보편화되는 시대에 와 있는데요, 뭐 싸진다고 다 하는 건 아니고 분명 이점이 WES에 비해 있으니 하겠죠?

 

WGS의 장점을 독보적으로 보여준 연구가 있습니다.

 

 

 

일반적으로 엑손과 인트론의 위치는 엄격하게 조절되어 있어야 정상적인 mRNA 전사가 가능합니다. 하지만 이 변이는 TENM3 유전자의 엑손이 IQSEC2 유전자의 인트론에 삽입되어 비정상적인 융합 유전자를 형성합니다.

 

이러한 구조적인 변이는 전체 염색체를 해독하는 전장 유전체 시퀀싱(Whole Genome Sequencing, WGS)**을 통해서만 쉽게 감지할 수 있습니다. 일반적인 엑손 시퀀싱에서는 이러한 구조적 변이(structural variation)**가 잘 드러나지 않기 때문입니다.

 

비정상 융합 유전자는 d에서 비정상 아미노산 서열을 만들게 되고, 조기종결코돈은 아니라 비정상적인 단백을 만들게 됩니다.

 

이렇듯 WGS는 구조적 변이를 감지하는데 WES보다 매우 민감하지만, 보통 rare한 variant에 이러한 특성들이 많다는 점이 어떻게 보면 단점입니다.

 

범용성이 다소 떨어지는 거죠. 

 

최근에는 AI를 활용하여 WES나 WGS에서 disease-causing variant를 찾아주는 open-source 프로그램도 있습니다.

 

https://exomiser.readthedocs.io/en/latest/result_interpretation.html

 

 

Ref.

Gilissen, C., Hehir-Kwa, J., Thung, D. et al. Genome sequencing identifies major causes of severe intellectual disability. Nature 511, 344–347 (2014).